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¿Qué es una variante del coronavirus SARS-CoV-2?
Texto actualizado el 2021-01-14
Una variante del coronavirus es una cepa viral caracterizada por la presencia de ciertas secuencias específicas dentro de su material genético. Cuando una nueva variante se vuelve prevalente, los investigadores suelen darle un nombre.
Variante es un término utilizado para describir una forma del SARS-CoV-2 que tiene una o más letras específicas en ciertas posiciones de su secuencia genómica y es diferente de la forma original, pero no lo suficientemente diferente para ser considerada un coronavirus diferente. Al comienzo de la epidemia, en diciembre de 2019, había muy pocas variantes del coronavirus del SARS-CoV-2: los genomas tomados de los primeros pacientes en Wuhan eran todos idénticos exceptuando unas pocas letras. (Ver la pregunta ¿Qué es una mutación para el coronavirus del SARS-CoV-2?). Actualmente existen varios miles de variantes del SARS-CoV-2 que pueden agruparse en líneas de mutación. Algunas variantes son más frecuentes que otras. Se han propuesto sistemas de nomenclatura para nombrar estas líneas.
¿Cómo detectamos las diferentes variantes?
Para detectar las variantes, las muestras de coronavirus recogidos de pacientes con la COVID-19 deben secuenciarse, es decir, debe identificarse la secuencia particular de letras de su genoma, y luego las secuencias del genoma deben compararse entre sí para reconstruir el orden y el momento de las mutaciones (véase la pregunta sobre variantes, ¿Qué variantes del coronavirus del SARS-CoV-2 han llamado la atención?). Cuidado con el efecto lupa: según el país, la secuenciación se hace de forma diferente. Algunos países como el Reino Unido o Dinamarca secuencian las muestras de casi el 10% de los pacientes infectados y, por lo tanto, tienen más probabilidades de descubrir variantes que otros países como Francia, que utilizan muy poca secuenciación (sólo el 0,1% de las muestras se secuencian en Francia) (Véase la pregunta sobre la variante VoC 202012/01, también llamada B1.1.7.), ¿Qué sabemos de la variante británica?). El descubrimiento de una variante depende por lo tanto de la presencia de la variante pero también de su investigación!
Fuentes
Cuando la epidemia comenzó en diciembre de 2019, los genomas tomados de los primeros pacientes en Wuhan eran todos idénticos exceptuando unas pocas letras. En abril de 2020, había un promedio de 9,6 mutaciones entre dos genomas de coronavirus del SARS-CoV-2 seleccionados al azar entre todos los disponibles. Esto demuestra que la epidemia comenzó con un virus inicial correspondiente a una sola secuencia y que las mutaciones se fueron acumulando a lo largo del tiempo en las diferentes ramas.
van Dorp, L., Acman, M., Richard, D., Shaw, L. P., Ford, C. E., Ormond, L., ... & Balloux, F. (2020). Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infection, Genetics and Evolution, 104351.El análisis en julio de 2020 de los genomas del SARS-CoV-2 de pacientes de 68 países identificó 5775 variantes. Las tres variantes más comunes fueron: 3037C > T (mutación sinónima, es decir, mutación que no cambia la proteína, 6334 muestras), P4715L (mutación que cambia la proteína 1ab, 6319 muestras) y D614G (mutación que afecta a la proteína Spike, 6294 muestras). Se han identificado seis clados principales: el clado basal responsable de los primeros casos detectados de COVID-19, D614G, L84S, L3606F, D448del y G392D. Un clado es un grupo de variantes. El linaje también se utiliza para describir un grupo de variantes. El clado D614G se ha convertido en la variante más común desde diciembre de 2019.
Koyama, T., Platt, D., & Parida, L. (2020). Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes. Bulletin of the World Health Organization, 98(7), 495.Los países con más secuencias del SARS-CoV-2 publicadas son el Reino Unido (38,9% del total de secuencias) y los Estados Unidos (22,7% del total de secuencias).
Furuse, Y. (2020). Genomic Sequencing Effort for SARS-CoV-2 by Country during the Pandemic. International Journal of Infectious Diseases.Actualmente no existe un método consensuado internacionalmente para denominar las diferentes variantes del SARS-CoV-2. Este trabajo presenta una nomenclatura racional y dinámica que utiliza un marco filogenético para identificar las líneas que más contribuyen a la propagación activa del coronavirus.
Rambaut, A., Holmes, E. C., O'Toole, Á., Hill, V., McCrone, J. T., Ruis, C., ... & Pybus, O. G. (2020). Una propuesta de nomenclatura dinámica para los linajes del SARS-CoV-2 para ayudar a la epidemiología genómica. Nature microbiology, 5(11), 1403-1407.