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¿Cuál es la prueba de referencia para saber si estoy infectado con CoV-2-SARS?
Texto actualizado en 2020-04-30
Para saber si estamos infectados con el coronavirus, podemos buscar la presencia de material genético específico de este virus. La prueba estándar validada por la OMS se basa en el método RT-qPCR para detectar la secuencia genética del virus del SARS-CoV-2. La prueba de PCR de referencia es: 1) debe hacerse pronto para limitar los falsos negativos, 2) debe hacerse independientemente de la gravedad de los síntomas - esto refleja una estrategia de salud pública y no una individual, 3) si la presunción clínica es fuerte, se recomienda aislar aunque la prueba sea negativa. Ahora están surgiendo otras pruebas para la detección. Véase la pregunta "¿Qué enfoques podrían acelerar la detección a gran escala? ».
Hay que distinguir entre las pruebas que detectan el virus a partir de muestras orales o nasofaríngeas para ver si está actualmente infectado con el virus (véase "¿Cuál es la prueba de referencia para ver si estoy infectado con el SARS-CoV-2? ") pruebas serológicas que te dicen que has sido infectado con el virus al detectar tu respuesta inmune en la sangre (ver "¿Cuáles son las pruebas para ver si he tenido la COVID-19 ? "»).
Las pruebas de detección de virus pueden ser muy sensibles gracias a un proceso de amplificación del virus (método clásico llamado PCR cuantitativa de transcripción inversa o "RT-qPCR" o la reciente AMPlificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa o el método "RT-LAMP"), o menos sensibles si el virus se detecta sin amplificación (son las llamadas pruebas "antigénicas").
¿Cuándo hay que hacer la prueba del virus? La prueba PCR muestra la presencia de material vírico sólo durante la infección. Una persona que se haya infectado en el pasado y se haya recuperado posteriormente dará negativo en la prueba RT-qPCR a veces días o semanas después de los síntomas. Por otro lado, pueden dar positivo en la prueba serológica, que muestra la presencia de anticuerpos contra el virus. ¿Cómo identificar con seguridad un caso de COVID-19 e identificar los casos de contacto? Si hay síntomas: la prueba RT-qPCR debe realizarse, por tanto, de forma temprana, independientemente de la gravedad. Si no hay síntomas: se recomienda esperar unos 5-7 días después del contacto con la persona infectada. Ver la pregunta " ¿Cuántos días después del contacto debo esperar para hacer la prueba de COVID? ».
¿Qué se está muestreando para detectar el virus? Las pruebas de referencia actuales se realizan típicamente con hisopos nasofaríngeos utilizando un hisopo insertado bastante profundamente en la cavidad nasal. Sin embargo, el esputo salival contiene muchas partículas virales y, como la tom de muestra es sencilla y de bajo riesgo, se utiliza en varios países como Japón o los Estados Unidos. Autorizado a finales de septiembre por la Autoridad Nacional de Salud de Francia para los pacientes sintomáticos solamente, este método de muestreo no se utiliza todavía, lamentablemente, de manera rutinaria en Francia.
¿En qué técnica se basan las pruebas de detección de la COVID-19 ? Las pruebas de referencia se basan en la técnica de detección del material genético del virus por PCR, conocida en la jerga como "RT-qPCR".
¿Cuáles son los pasospara detectar el virus? El procesamiento de las muestras, ya sean nasofaríngeas o bucales, comienza con la inactivación del virus, antes de la extracción del material genético del virus, el ARN. Luego, para el análisis de la saliva, las muestras deben ser fluidificadas. En Francia, el protocolo de referencia para la detección del ARN viral se basa entonces en una amplificación RT-qPCR de un paso, desarrollada en el centro nacional de referencia del Instituto Pasteur y la Organización Mundial de la Salud. La amplificación RT-qPCR se dirige a dos regiones específicas del virus y, para algunas pruebas, a una región genómica específica de las células del paciente. Esta secuencia humana permite validar tanto el origen de la muestra como la calidad de las muestras y estandarizarlas entre sí. De este modo se evitan los errores de falsos negativos debidos a un muestreo incorrecto. Una gama estándar de ARN vírico sintético permite cuantificar en las muestras el número de moléculas de ARN del SARS-CoV-2. Sin embargo, se utiliza raramente y los resultados no proporcionan la verdadera carga viral. Este protocolo lleva al menos 3 o 4 horas desde el comienzo del procesamiento de la muestra hasta el resultado de la prueba en el laboratorio.
¿De dónde vienen los falsos negativos? Si la muestra se toma incorrectamente, es posible que el resultado de la prueba sea negativo aunque la persona esté infectada: estos errores se denominan "falsos negativos". Esto puede suceder si la muestra se tomó incorrectamente, pero también puede suceder con una buena muestra. En algunos pacientes con SARS-CoV-2, el virus no se detecta en las secreciones nasales o faríngeas, mientras que se detecta en el fluido pulmonar. Las numerosas razones que conducen a los falsos negativos indican que se requiere una gran precaución. Incluso si la prueba es negativa, los signos clínicos pueden hacer sospechar de la COVID-19 y requerir el aislamiento antes de realizar más pruebas.
Fuentes
La primera cinética de la cantidad de SARS-CoV-2 en pacientes hospitalizados en Munich, Alemania (1 de abril de 2020) revela que las partículas virales infecciosas se aíslan fácilmente de las muestras de garganta o pulmón, pero no de las heces, a pesar de las altas concentraciones de ARN viral. El análisis de las muestras de sangre y orina nunca ha revelado ningún virus.
Wölfel, R., Corman, V. M., Guggemos, W., Seilmaier, M., Zange, S., Müller, M. A., ... & Hoelscher, M. (2020). Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature, 1-10.El análisis de transmisión de la SARS-CoV-2 revela que muchas infecciones se producen antes o al comienzo de los síntomas, el período de incubación es corto y muchas pruebas de PCR han dado lugar a falsos negativos cuando no se detecta una persona infectada.
Böhmer, M. M., Buchholz, U., Corman, V. M., Hoch, M., Katz, K., Marosevic, D. V., Böhm, S., Woudenberg, T., Ackermann, N., Konrad, R., Eberle, U., Treis, B., Dangel, A., Bengs, K., Fingerle, V., Berger, A., Hörmansdorfer, S., Ippisch, S., Wicklein, B., Grahl, A., … Zapf, A. (2020). Investigation of a COVID-19 outbreak in Germany resulting from a single travel-associated primary case: a case series. The Lancet. Infectious diseases, 20(8), 920–928.Un análisis en el que se comparan los resultados de más de 50 laboratorios de Austria que utilizan las mismas muestras de virus inactivados muestra que, si bien los resultados de la prueba de PCR de referencia son coherentes en el caso de las muestras con alta presencia de virus, no es así en el caso de las muestras con baja abundancia de virus:
Görzer, I., Buchta, C., Chiba, P., Benka, B., Camp, J. V., Holzmann, H., Puchhammer-Stöckl, E., & Aberle, S. W. (2020). First results of a national external quality assessment scheme for the detection of SARS-CoV-2 genome sequences. Journal of clinical virology: the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology, 129, 104537.El ARN del SARS-CoV-2 no se encuentra en la sangre de los pacientes asintomáticos y mínimamente sintomáticos, por lo que el riesgo de contaminación por transfusión es insignificante.
Corman, V. M., Rabenau, H. F., Adams, O., Oberle, D., Funk, M. B., Keller-Stanislawski, B., Timm, J., Drosten, C., & Ciesek, S. (2020). SARS-CoV-2 asymptomatic and symptomatic patients and risk for transfusion transmission. Transfusion, 60(6), 1119–1122.Estudio alemán con 49 niños de 0 a 10 años, 78 personas de 11 a 20 años y más de 3.000 adultos de todas las edades, todos dieron positivo en la prueba del coronavirus del SARS-CoV-2 entre enero y abril de 2020. El análisis de la carga viral según la edad del paciente reveló valores similares para los pacientes jóvenes y asintomáticos que para las personas mayores y sintomáticas:
Jones, TC, Mühlemann, B, Veith, T, Biele, G, Zuchowski, M, Hoffmann, J, Stein, A, Edelmann, A, Max Corman, V, Drosten, C. An analysis of SARS-CoV-2 viral load by patient age. medRxiv 2020.06.08.20125484.